pyOpenMS
OpenMS ile proteomik ve metabolomik kütle spektrometrisi akışları.
Kurulum
Script içeriyorgh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pyopenms
Proteomics or metabolomics MS data: feature detection, quantification, peptide identification, or building an LC-MS/MS pipeline.
- Geliştirici
- K-Dense Inc.
- Lisans
- BSD-3-Clause
LC-MS/MS işleri için OpenMS kütüphanesini Python'a taşıyor: mzML ve mzXML okuma, sinyal işleme ve tepe merkezleme, öznitelik bulma, alıkonma süresi hizalama, konsensüs bağlama, işaretsiz ya da izobarik niceleme. Peptit ve protein kimliklendirmesi FASTA'ya yeniden indeksleme, yanlış keşif oranı tahmini ve idXML dışa aktarımı üzerinden yürüyor. Sık kullanılan akışların çoğu parametreli komut satırı betiği olarak geliyor; yönerge yeni Python yazmadan önce bu betiklerden birini denemeyi söylüyor. Metabolomik tarafını adduct gruplama, HMDB'ye karşı hassas kütle eşleme ve GNPS ile SIRIUS dışa aktarımı tamamlıyor.
Benzer skill'ler
pysam
SkillBAM, CRAM ve VCF dosyalarını Python'dan HTSlib üzerinden okur ve yazar.
PyDESeq2
SkillBulk RNA dizileme farklı ifade analizini R yerine Python'da yürütür.
NotebookLM-py
SkillGoogle NotebookLM'i komut satırından, Python'dan ya da ajandan sürer.
Yorumlar(0)
Yorum yapmak için giriş yap