PyDESeq2
Bulk RNA dizileme farklı ifade analizini R yerine Python'da yürütür.
Kurulum
Script içeriyorgh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pydeseq2
Differential expression on bulk RNA-seq counts, multi-factor designs with batch or covariate terms, or porting a DESeq2 workflow from R.
- Geliştirici
- K-Dense Inc.
- Lisans
- MIT
DESeq2 yordamını PyDESeq2 paketiyle baştan sona uyguluyor: düşük sayımlı genleri eleme, dağılım tahmini, Wald testi, Benjamini-Hochberg düzeltmesi ve isteğe bağlı apeGLM daraltması. Çok faktörlü formül tasarımları kapsamda; parti etkisi ya da ortak değişken önceden temizlenmiş sayılmıyor, modelin içine giriyor. Her örnekte referans düzeyi ve karşılaştırma çifti açıkça yazılıyor — R'dan taşınan akışlarda işaretin ters dönmesi genelde tam burada oluyor. Paketteki tek betik, sayım tablosu ile örnek meta verisinden analizin tamamını koşturuyor.
Benzer skill'ler
Scanpy
SkillTek hücre RNA dizileme analizini kalite kontrolden kümelemeye kadar yürütür.
Experimental Design
SkillVeri toplanmadan önce çalışmanın tasarımını seçer ve dağılım tablosunu üretir.
statsmodels
SkillRegresyon, GLM ve zaman serisi modelleri; çıktısında tam çıkarım tablosu.
Yorumlar(0)
Yorum yapmak için giriş yap