PyDESeq2
Bulk RNA dizileme farklı ifade analizini R yerine Python'da yürütür.
Kurulum
Script içeriyorgh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pydeseq2
Differential expression on bulk RNA-seq counts, multi-factor designs with batch or covariate terms, or porting a DESeq2 workflow from R.
- Geliştirici
- K-Dense Inc.
- Lisans
- MIT
DESeq2 yordamını PyDESeq2 paketiyle baştan sona uyguluyor: düşük sayımlı genleri eleme, dağılım tahmini, Wald testi, Benjamini-Hochberg düzeltmesi ve isteğe bağlı apeGLM daraltması. Çok faktörlü formül tasarımları kapsamda; parti etkisi ya da ortak değişken önceden temizlenmiş sayılmıyor, modelin içine giriyor. Her örnekte referans düzeyi ve karşılaştırma çifti açıkça yazılıyor — R'dan taşınan akışlarda işaretin ters dönmesi genelde tam burada oluyor. Paketteki tek betik, sayım tablosu ile örnek meta verisinden analizin tamamını koşturuyor.
Benzer skill'ler
Semgrep Rule Creator
SkillÖzel Semgrep kuralları yazar ve testleri geçmeden kuralı bitmiş saymaz.
pysam
SkillBAM, CRAM ve VCF dosyalarını Python'dan HTSlib üzerinden okur ve yazar.
Property-Based Testing
SkillKodda iddia etmeye değer cebirsel özelliği bulur, üretici testini onun etrafına kurar.
Yorumlar(0)
Yorum yapmak için giriş yap