Scanpy
Tek hücre RNA dizileme analizini kalite kontrolden kümelemeye kadar yürütür.
Kurulum
Script içeriyornpx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills
scRNA-seq analysis: QC, normalization, UMAP/PCA, clustering, marker genes, or converting an RDS object to h5ad.
- Geliştirici
- K-Dense Inc.
- Lisans
- BSD-3-Clause
Yerleşik Scanpy akışını izler: kalite kontrol, normalleştirme, PCA, UMAP ya da t-SNE, Leiden kümeleme, farklı ifade analizi ve görselleştirme. R tarafından gelen Seurat veya SingleCellExperiment nesnelerini h5ad biçimine çevirme adımı da kapsamda; iş genelde bu ilk engelde tıkanıyor. Belleğe sığmayan veri için Dask seçeneği anlatılıyor, olasılıksal modeller içinse ayrı bir skill'e yönlendiriliyor.
Benzer skill'ler
AnnData
Skillscverse tek hücre yığınının altında duran h5ad veri yapısı.
PyDESeq2
SkillBulk RNA dizileme farklı ifade analizini R yerine Python'da yürütür.
scvi-tools
SkillTek hücre verisi için olasılıksal modeller: parti düzeltme ve tümleştirme.
Yorumlar(0)
Yorum yapmak için giriş yap