Scanpy
Tek hücre RNA dizileme analizini kalite kontrolden kümelemeye kadar yürütür.
Kurulum
Script içeriyornpx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills
scRNA-seq analysis: QC, normalization, UMAP/PCA, clustering, marker genes, or converting an RDS object to h5ad.
- Geliştirici
- K-Dense Inc.
- Lisans
- BSD-3-Clause
Yerleşik Scanpy akışını izler: kalite kontrol, normalleştirme, PCA, UMAP ya da t-SNE, Leiden kümeleme, farklı ifade analizi ve görselleştirme. R tarafından gelen Seurat veya SingleCellExperiment nesnelerini h5ad biçimine çevirme adımı da kapsamda; iş genelde bu ilk engelde tıkanıyor. Belleğe sığmayan veri için Dask seçeneği anlatılıyor, olasılıksal modeller içinse ayrı bir skill'e yönlendiriliyor.
Benzer skill'ler
PyDESeq2
SkillBulk RNA dizileme farklı ifade analizini R yerine Python'da yürütür.
AnnData
Skillscverse tek hücre yığınının altında duran h5ad veri yapısı.
scvi-tools
SkillTek hücre verisi için olasılıksal modeller: parti düzeltme ve tümleştirme.
Yorumlar(0)
Yorum yapmak için giriş yap