Scanpy
Flux RNA-seq unicelular: de la QC la clustere și gene marker
Instalare
Include scripturinpx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills
scRNA-seq analysis: QC, normalization, UMAP/PCA, clustering, marker genes, or converting an RDS object to h5ad.
- Autor
- K-Dense Inc.
- Licență
- BSD-3-Clause
Urmează fluxul consacrat din Scanpy: controlul calității, normalizarea, PCA, UMAP sau t-SNE, gruparea Leiden, expresia diferențială și vizualizarea. Gestionează și etapa inițială dificilă de conversie a fișierelor RDS Seurat sau SingleCellExperiment în h5ad, necesară înaintea celorlalte operații. Utilizarea Dask este documentată pentru seturile de date care nu încap în memorie, iar modelele probabilistice sunt direcționate către alte soluții.
Skill-uri similare
PyDESeq2
SkillAnalizează expresia diferențială bulk RNA-seq în Python
AnnData
SkillStructura h5ad de la baza ecosistemului unicelular scverse
scvi-tools
SkillModele unicelulare probabilistice pentru integrarea loturilor
Comentarii(0)
Autentifică-te pentru a comenta