Skill
Scanpy
Workflow RNA-seq a singola cellula, dal QC ai geni marker
Installazione
Include scriptnpx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills
Si attiva con
scRNA-seq analysis: QC, normalization, UMAP/PCA, clustering, marker genes, or converting an RDS object to h5ad.
- Autore
- K-Dense Inc.
- Licenza
- BSD-3-Clause
Segue il workflow consolidato di Scanpy: controllo qualità, normalizzazione, PCA, UMAP o t-SNE, clustering Leiden, espressione differenziale e visualizzazione. Gestisce anche la conversione iniziale dei file RDS di Seurat o SingleCellExperiment in h5ad. Documenta l'uso di Dask per i dataset che non entrano in memoria e rimanda altrove per i modelli probabilistici.
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