مهارة
Scanpy
سير عمل RNA أحادي الخلية من ضبط الجودة إلى التجميع والجينات الدالة
التثبيت
تتضمن سكربتاتnpx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills
تُفعّل عند
scRNA-seq analysis: QC, normalization, UMAP/PCA, clustering, marker genes, or converting an RDS object to h5ad.
- المؤلف
- K-Dense Inc.
- الترخيص
- BSD-3-Clause
يتبع مسار Scanpy المعتمد: ضبط الجودة والتطبيع وPCA وUMAP أو t-SNE وتجميع Leiden والتعبير التفاضلي والرسم. كما يعالج الخطوة الأولى المعقدة بتحويل ملفات RDS الخاصة بـ Seurat أو SingleCellExperiment إلى h5ad قبل بدء بقية العمليات. ويوضح استخدام Dask مع مجموعات البيانات التي لا تتسع لها الذاكرة، بينما يحيل النماذج الاحتمالية إلى أدوات أخرى.
مهارات مشابهة
PyDESeq2
مهارةتحليل التعبير التفاضلي لـ RNA-seq في Python بدلًا من R
قواعد البيانات والبياناتالأبحاث والعلوم
AnnData
مهارةبنية بيانات h5ad الأساسية لمنظومة scverse أحادية الخلية
قواعد البيانات والبياناتالأبحاث والعلوم
scvi-tools
مهارةنماذج احتمالية أحادية الخلية لتصحيح الدفعات ودمج البيانات
قواعد البيانات والبياناتالأبحاث والعلوم
التعليقات(0)
سجّل الدخول للتعليق