scvi-tools
نماذج احتمالية أحادية الخلية لتصحيح الدفعات ودمج البيانات
التثبيت
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills scvi-tools
Batch correction, transfer learning, multimodal or spatial single-cell integration, or differential expression that needs uncertainty.
- المؤلف
- K-Dense Inc.
- الترخيص
- BSD-3-Clause
يغطي عائلة النماذج التوليدية العميقة المبنية على PyTorch: scVI وscANVI لبيانات RNA، وPeakVI وscBasset لإتاحة الكروماتين، وtotalVI وMultiVI للبيانات متعددة الوسائط، وDestVI وStereoscope لفك المزج المكاني. يعالج مباشرةً مشكلة عملية متكررة، إذ توجد بعض النماذج ضمن scvi.model وأخرى ضمن scvi.external، وتوضح الملفات المرجعية مساحة الأسماء الخاصة بكل نموذج. يعيد تحليل التعبير التفاضلي هنا مقدار عدم اليقين بدل قيمة p مجردة، وهذا هو السبب الرئيسي لاختياره بدل مسار Scanpy تقليدي.
مهارات مشابهة
Scanpy
مهارةسير عمل RNA أحادي الخلية من ضبط الجودة إلى التجميع والجينات الدالة
PyDESeq2
مهارةتحليل التعبير التفاضلي لـ RNA-seq في Python بدلًا من R
PyMC
مهارةنمذجة بايزية مع PyMC وأخذ عينات NUTS ومقارنة النماذج
التعليقات(0)
سجّل الدخول للتعليق