scvi-tools
Probabilistische Single-Cell-Modelle für Korrektur und Integration
Installation
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills scvi-tools
Batch correction, transfer learning, multimodal or spatial single-cell integration, or differential expression that needs uncertainty.
- Autor
- K-Dense Inc.
- Lizenz
- BSD-3-Clause
Behandelt die auf PyTorch basierende Familie tiefengenerativer Modelle: scVI und scANVI für RNA, PeakVI und scBasset für Chromatinzugänglichkeit, totalVI und MultiVI für multimodale Daten sowie DestVI und Stereoscope für räumliche Dekonvolution. Eine häufige praktische Stolperfalle wird direkt geklärt: Manche Modelle liegen unter scvi.model, andere unter scvi.external; die Referenzdateien nennen für jedes Modell den richtigen Namespace. Die differenzielle Expressionsanalyse liefert hier Unsicherheitswerte statt nur eines p-Werts – der wichtigste Grund, sie einer üblichen Scanpy-Pipeline vorzuziehen.
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