scvi-tools
Probabilistische single-cell-modellen voor batchcorrectie
Installeren
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills scvi-tools
Batch correction, transfer learning, multimodal or spatial single-cell integration, or differential expression that needs uncertainty.
- Auteur
- K-Dense Inc.
- Licentie
- BSD-3-Clause
Behandelt de familie van diepe generatieve modellen op PyTorch: scVI en scANVI voor RNA, PeakVI en scBasset voor chromatintoegankelijkheid, totalVI en MultiVI voor multimodale gegevens, en DestVI en Stereoscope voor ruimtelijke deconvolutie. De referentiebestanden vermelden per model of het onder scvi.model of scvi.external valt. Differentieanalyse levert hier onzekerheid in plaats van alleen een p-waarde, de belangrijkste reden om hiervoor te kiezen boven een standaard Scanpy-pipeline.
Vergelijkbare skills
Acquire Codebase Knowledge
SkillBrengt een onbekende repository in zeven onderbouwde documenten in kaart
pysam
SkillLeest en schrijft BAM-, CRAM- en VCF-bestanden via HTSlib
Statistical Power
SkillBerekent steekproefgrootte, detecteerbaar effect en powercurves
Reacties(0)
Log in om te reageren