scvi-tools
Modelos unicelulares probabilísticos para corregir e integrar lotes
Instalación
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills scvi-tools
Batch correction, transfer learning, multimodal or spatial single-cell integration, or differential expression that needs uncertainty.
- Autor
- K-Dense Inc.
- Licencia
- BSD-3-Clause
Abarca la familia de modelos generativos profundos basada en PyTorch: scVI y scANVI para RNA, PeakVI y scBasset para accesibilidad de cromatina, totalVI y MultiVI para datos multimodales, y DestVI y Stereoscope para deconvolución espacial. Resuelve una confusión práctica habitual: algunos modelos están en scvi.model y otros en scvi.external, y los archivos de referencia indican el espacio de nombres de cada uno. Aquí, la expresión diferencial devuelve incertidumbre en lugar de un simple valor p, principal motivo para usarlo en vez de un pipeline estándar de Scanpy.
Habilidades similares
Scanpy
HabilidadFlujo estándar de RNA-seq unicelular, de QC a genes marcadores
PyDESeq2
HabilidadAnaliza expresión diferencial de RNA-seq masivo en Python, no en R
PyMC
HabilidadModelado bayesiano con priors, muestreo NUTS y comparación
Comentarios(0)
Inicia sesión para comentar