scvi-tools
Probabilistiska enkelcellsmodeller för korrigering och integrering
Installera
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills scvi-tools
Batch correction, transfer learning, multimodal or spatial single-cell integration, or differential expression that needs uncertainty.
- Utvecklare
- K-Dense Inc.
- Licens
- BSD-3-Clause
Omfattar familjen av djupa generativa modeller byggda på PyTorch: scVI och scANVI för RNA, PeakVI och scBasset för kromatintillgänglighet, totalVI och MultiVI för multimodala data samt DestVI och Stereoscope för spatial dekonvolution. Referensfilerna anger tydligt vilka modeller som finns under scvi.model respektive scvi.external. Analys av differentiellt uttryck ger här osäkerhet i stället för enbart ett p-värde, vilket är huvudskälet att välja detta framför en vanlig Scanpy-pipeline.
Liknande färdigheter
Scanpy
FärdighetStandardflöde för encells-RNA-seq från QC till markörgener
PyDESeq2
FärdighetAnalyserar differentiellt uttryck i bulk-RNA-seq med Python
PyMC
FärdighetBayesiansk modellering med priorer, NUTS och modelljämförelse
Kommentarer(0)
Logga in för att kommentera