scvi-tools
Probabilistiska enkelcellsmodeller för korrigering och integrering
Installera
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills scvi-tools
Batch correction, transfer learning, multimodal or spatial single-cell integration, or differential expression that needs uncertainty.
- Utvecklare
- K-Dense Inc.
- Licens
- BSD-3-Clause
Omfattar familjen av djupa generativa modeller byggda på PyTorch: scVI och scANVI för RNA, PeakVI och scBasset för kromatintillgänglighet, totalVI och MultiVI för multimodala data samt DestVI och Stereoscope för spatial dekonvolution. Referensfilerna anger tydligt vilka modeller som finns under scvi.model respektive scvi.external. Analys av differentiellt uttryck ger här osäkerhet i stället för enbart ett p-värde, vilket är huvudskälet att välja detta framför en vanlig Scanpy-pipeline.
Liknande färdigheter
Acquire Codebase Knowledge
FärdighetKartlägger ett obekant repo i sju filunderbyggda dokument
pysam
FärdighetLäser och skriver BAM-, CRAM- och VCF-filer via HTSlib
Statistical Power
FärdighetBeräknar stickprovsstorlek, minsta effekt och styrkekurvor
Kommentarer(0)
Logga in för att kommentera