scvi-tools
Modèles probabilistes pour intégrer les données monocellulaires
Installation
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills scvi-tools
Batch correction, transfer learning, multimodal or spatial single-cell integration, or differential expression that needs uncertainty.
- Auteur
- K-Dense Inc.
- Licence
- BSD-3-Clause
Couvre la famille de modèles génératifs profonds fondés sur PyTorch : scVI et scANVI pour l’ARN, PeakVI et scBasset pour l’accessibilité de la chromatine, totalVI et MultiVI pour les données multimodales, ainsi que DestVI et Stereoscope pour la déconvolution spatiale. Un piège pratique récurrent est traité directement : certains modèles se trouvent dans scvi.model, d’autres dans scvi.external, et les fichiers de référence précisent l’espace de noms de chacun. L’analyse d’expression différentielle renvoie ici une mesure d’incertitude plutôt qu’une simple valeur p, principale raison de la préférer à un pipeline Scanpy standard.
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