pysam

gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pysam

Couvre le traitement en continu et indexé des fichiers génomiques : requêtes par région, pileups, couverture, filtrage par indicateur ou qualité et écriture de nouveaux fichiers sans perdre l’en-tête. Le format, l’ordre de tri, l’index et la convention des coordonnées doivent être définis avant d’écrire le code, car mélanger les coordonnées Python à base zéro et les régions à base un produit souvent des résultats erronés sans avertissement. Quatre scripts fournis inspectent un fichier inconnu, résument le contrôle qualité des alignements, filtrent les lectures et synthétisent les variants. La documentation cible pysam 0.24.0 avec HTSlib 1.23.1 et comprend une note de migration distincte.