Навык

pysam

Чтение и запись BAM, CRAM и VCF из Python через HTSlib

Установка

Содержит скрипты

gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pysam

Условия запуска

Reading, querying, filtering or writing SAM/BAM/CRAM, VCF/BCF, FASTA/FASTQ or tabix-indexed files; pileup and coverage work.

Нужны инструменты

ReadWriteEditBash

Автор: K-Dense Inc.
Лицензия: MIT

Репозиторийhttps://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills

Охватывает потоковую обработку геномных файлов с учётом индексов: запросы по регионам, pileup-анализ, расчёт покрытия, фильтрацию по флагам и качеству, а также запись новых файлов с сохранением заголовка. Формат, порядок сортировки, индекс и систему координат нужно определить до написания кода: смешение нумерации с нуля в Python и нумерации с единицы в строках регионов часто приводит к незаметно ошибочным результатам. Четыре готовых скрипта помогают изучить незнакомый файл, оценить качество выравнивания, отфильтровать риды и свести данные по вариантам; руководство рассчитано на pysam 0.24.0 с HTSlib 1.23.1 и содержит отдельную памятку по миграции.