pysam
Läser och skriver BAM-, CRAM- och VCF-filer via HTSlib
Installera
Innehåller skriptgh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pysam
Reading, querying, filtering or writing SAM/BAM/CRAM, VCF/BCF, FASTA/FASTQ or tabix-indexed files; pileup and coverage work.
- Utvecklare
- K-Dense Inc.
- Licens
- MIT
Omfattar strömmande och indexmedveten hantering av genomiska filer: regionsökningar, pileup-analyser, täckning, filtrering efter flaggor och kvalitet samt skrivning av nya filer utan att förlora headern. Format, sorteringsordning, index och koordinatkonvention måste bestämmas innan koden skrivs, eftersom blandning av nollbaserade Python-koordinater och ettbaserade regionsträngar ofta ger tyst felaktiga resultat. Fyra medföljande skript granskar okända filer, sammanfattar kvalitetskontroll för alignments, filtrerar läsningar och sammanfattar varianter; vägledningen gäller pysam 0.24.0 med HTSlib 1.23.1 och innehåller en separat migreringsnot.
Liknande färdigheter
AWS Core Skills
FärdighetTjugo AWS-färdigheter för CDK, IAM, containrar och kostnader
explain-simply
FärdighetAvslutar långa svar med några enkla meningar
Systematic Debugging
FärdighetKräver reproduktion före felsökning i stället för gissningar
Kommentarer(0)
Logga in för att kommentera