pysam
قراءة وكتابة ملفات BAM وCRAM وVCF في Python عبر HTSlib
التثبيت
تتضمن سكربتاتgh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pysam
Reading, querying, filtering or writing SAM/BAM/CRAM, VCF/BCF, FASTA/FASTQ or tabix-indexed files; pileup and coverage work.
- المؤلف
- K-Dense Inc.
- الترخيص
- MIT
يغطي الجوانب المتدفقة والمدركة للفهارس في معالجة الملفات الجينومية، بما يشمل استعلامات المناطق وعمليات pileup والتغطية والتصفية حسب العلامات والجودة وكتابة ملفات جديدة مع الحفاظ على الترويسة. يجب تحديد التنسيق وترتيب الفرز والفهرس ونظام الإحداثيات قبل كتابة أي كود، لأن الخلط بين إحداثيات Python التي تبدأ من الصفر ونطاقات المناطق التي تبدأ من الواحد هو السبب المعتاد للنتائج الخاطئة دون إنذار. تتضمن الحزمة أربعة نصوص برمجية لفحص ملف غير مألوف وتلخيص ضبط جودة المحاذاة وتصفية القراءات وتلخيص المتغيرات، مع إرشادات مخصصة لـ pysam 0.24.0 فوق HTSlib 1.23.1 وملاحظة ترحيل منفصلة.
مهارات مشابهة
AWS Core Skills
مهارةعشرون مهارة من AWS لـ CDK وIAM والحاويات والمراقبة والتكلفة
explain-simply
مهارةيختتم الإجابات الطويلة ببضع جمل واضحة وبسيطة
Systematic Debugging
مهارةيفرض إعادة إنتاج الخلل قبل إصلاحه بدل التخمين
التعليقات(0)
سجّل الدخول للتعليق