pysam
Odczytuje i zapisuje pliki BAM, CRAM i VCF przez HTSlib
Instalacja
Zawiera skryptygh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pysam
Reading, querying, filtering or writing SAM/BAM/CRAM, VCF/BCF, FASTA/FASTQ or tabix-indexed files; pileup and coverage work.
- Autor
- K-Dense Inc.
- Licencja
- MIT
Obejmuje strumieniową obsługę plików genomicznych z wykorzystaniem indeksów: zapytania o regiony, pileup, pokrycie, filtrowanie według flag i jakości oraz zapis nowych plików bez utraty nagłówka. Format, kolejność sortowania, indeks i konwencję współrzędnych trzeba ustalić przed napisaniem kodu, ponieważ mieszanie zerowych współrzędnych Pythona z numerowanymi od jedynki ciągami regionów jest częstą przyczyną niezauważalnie błędnych wyników. Cztery dołączone skrypty analizują nieznany plik, podsumowują kontrolę jakości dopasowań, filtrują odczyty i zestawiają warianty. Wskazówki dotyczą pysam 0.24.0 z HTSlib 1.23.1 i zawierają osobną notę migracyjną.
Podobne umiejętności
Acquire Codebase Knowledge
UmiejętnośćOpisuje nieznane repozytorium w siedmiu dokumentach opartych na plikach
Writing Plans
UmiejętnośćZmienia specyfikację w plan zrozumiały dla nowego inżyniera
RDKit Cheminformatics
UmiejętnośćPrzewodnik po RDKit: cząsteczki, deskryptory i podstruktury
Komentarze(0)
Zaloguj się, aby skomentować