pysam
Lê e grava arquivos BAM, CRAM e VCF em Python com HTSlib
Instalação
Inclui scriptsgh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pysam
Reading, querying, filtering or writing SAM/BAM/CRAM, VCF/BCF, FASTA/FASTQ or tabix-indexed files; pileup and coverage work.
- Autor
- K-Dense Inc.
- Licença
- MIT
Abrange o processamento contínuo e orientado por índices de arquivos genômicos: consultas por região, pileups, cobertura, filtros de flags e qualidade e gravação de novos arquivos sem perder o cabeçalho. Formato, ordem de classificação, índice e convenção de coordenadas devem ser definidos antes da programação, pois misturar coordenadas Python iniciadas em zero com regiões iniciadas em um costuma gerar resultados silenciosamente incorretos. Quatro scripts incluídos inspecionam arquivos desconhecidos, resumem o controle de qualidade de alinhamentos, filtram leituras e resumem variantes; as orientações são específicas para pysam 0.24.0 sobre HTSlib 1.23.1 e incluem uma nota de migração separada.
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