pysam
Citește și scrie fișiere BAM, CRAM și VCF din Python
Instalare
Include scripturigh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pysam
Reading, querying, filtering or writing SAM/BAM/CRAM, VCF/BCF, FASTA/FASTQ or tabix-indexed files; pileup and coverage work.
- Autor
- K-Dense Inc.
- Licență
- MIT
Acoperă procesarea în flux și indexată a fișierelor genomice: interogări pe regiuni, pileup-uri, acoperire, filtrare după indicatori și calitate, precum și scrierea fișierelor noi fără pierderea antetului. Formatul, ordinea de sortare, indexul și convenția coordonatelor trebuie stabilite înainte de scrierea codului, deoarece amestecarea coordonatelor Python indexate de la zero cu regiunile indexate de la unu produce frecvent rezultate greșite fără semnale evidente. Patru scripturi incluse inspectează fișiere necunoscute, rezumă controlul calității alinierii, filtrează citirile și sintetizează variantele; documentația vizează pysam 0.24.0 cu HTSlib 1.23.1 și include separat instrucțiuni de migrare.
Skill-uri similare
Acquire Codebase Knowledge
SkillDescrie un depozit necunoscut în șapte documente bazate pe fișiere
Writing Plans
SkillTransformă specificația într-un plan clar, pas cu pas
RDKit Cheminformatics
SkillGhid pentru RDKit: molecule, descriptori și căutări de substructuri
Comentarii(0)
Autentifică-te pentru a comenta