pysam
Citește și scrie fișiere BAM, CRAM și VCF din Python
Instalare
Include scripturigh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pysam
Reading, querying, filtering or writing SAM/BAM/CRAM, VCF/BCF, FASTA/FASTQ or tabix-indexed files; pileup and coverage work.
- Autor
- K-Dense Inc.
- Licență
- MIT
Acoperă procesarea în flux și indexată a fișierelor genomice: interogări pe regiuni, pileup-uri, acoperire, filtrare după indicatori și calitate, precum și scrierea fișierelor noi fără pierderea antetului. Formatul, ordinea de sortare, indexul și convenția coordonatelor trebuie stabilite înainte de scrierea codului, deoarece amestecarea coordonatelor Python indexate de la zero cu regiunile indexate de la unu produce frecvent rezultate greșite fără semnale evidente. Patru scripturi incluse inspectează fișiere necunoscute, rezumă controlul calității alinierii, filtrează citirile și sintetizează variantele; documentația vizează pysam 0.24.0 cu HTSlib 1.23.1 și include separat instrucțiuni de migrare.
Skill-uri similare
AWS Core Skills
Skill20 de skill-uri AWS pentru CDK, IAM, containere, costuri și monitorizare
explain-simply
SkillÎncheie un răspuns lung cu câteva propoziții simple
Systematic Debugging
SkillImpune depanarea prin reproducere, nu remedieri speculative
Comentarii(0)
Autentifică-te pentru a comenta