pysam
Legge e scrive file BAM, CRAM e VCF in Python con HTSlib
Installazione
Include scriptgh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pysam
Reading, querying, filtering or writing SAM/BAM/CRAM, VCF/BCF, FASTA/FASTQ or tabix-indexed files; pileup and coverage work.
- Autore
- K-Dense Inc.
- Licenza
- MIT
Copre la gestione in streaming e basata su indici dei file genomici: query per regione, pileup, copertura, filtri per flag e qualità e scrittura di nuovi file senza perdere l'intestazione. Formato, ordinamento, indice e convenzione delle coordinate devono essere definiti prima di scrivere il codice, perché confondere le coordinate Python a base zero con le stringhe di regione a base uno produce spesso risultati errati senza segnalarlo. Quattro script inclusi ispezionano file sconosciuti, riepilogano il controllo qualità degli allineamenti, filtrano le letture e sintetizzano le varianti; la guida è riferita a pysam 0.24.0 con HTSlib 1.23.1 e include una nota separata sulla migrazione.
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