pysam
Liest und schreibt BAM-, CRAM- und VCF-Dateien über HTSlib
Installation
Enthält Skriptegh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pysam
Reading, querying, filtering or writing SAM/BAM/CRAM, VCF/BCF, FASTA/FASTQ or tabix-indexed files; pileup and coverage work.
- Autor
- K-Dense Inc.
- Lizenz
- MIT
Behandelt die streaming- und indexgestützte Verarbeitung genomischer Dateien: Regionsabfragen, Pileups, Abdeckung, Filterung nach Flags und Qualität sowie das Schreiben neuer Dateien ohne Verlust des Headers. Format, Sortierreihenfolge, Index und Koordinatenkonvention müssen vor dem Programmieren feststehen, da die Vermischung nullbasierter Python-Koordinaten mit einsbasierten Regionsangaben häufig unbemerkt falsche Ergebnisse verursacht. Vier mitgelieferte Skripte untersuchen unbekannte Dateien, fassen die Qualitätskontrolle von Alignments zusammen, filtern Reads und erstellen Variantenübersichten. Die Anleitung ist auf pysam 0.24.0 mit HTSlib 1.23.1 festgelegt und enthält einen eigenen Migrationshinweis.
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