pysam
Lee y escribe archivos BAM, CRAM y VCF con Python y HTSlib
Instalación
Incluye scriptsgh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pysam
Reading, querying, filtering or writing SAM/BAM/CRAM, VCF/BCF, FASTA/FASTQ or tabix-indexed files; pileup and coverage work.
- Autor
- K-Dense Inc.
- Licencia
- MIT
Cubre el procesamiento por streaming y mediante índices de archivos genómicos: consultas por región, pileups, cobertura, filtrado por indicadores y calidad, y creación de archivos sin perder la cabecera. Antes de escribir código deben definirse el formato, el orden, el índice y la convención de coordenadas, ya que mezclar coordenadas de Python basadas en cero con regiones basadas en uno suele producir resultados incorrectos sin mostrar errores. Incluye cuatro scripts para inspeccionar archivos desconocidos, resumir el control de calidad de alineaciones, filtrar lecturas y resumir variantes; las indicaciones corresponden a pysam 0.24.0 sobre HTSlib 1.23.1 e incluyen una nota de migración independiente.
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