pysam
Leest en schrijft BAM-, CRAM- en VCF-bestanden via HTSlib
Installeren
Bevat scriptsgh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pysam
Reading, querying, filtering or writing SAM/BAM/CRAM, VCF/BCF, FASTA/FASTQ or tabix-indexed files; pileup and coverage work.
- Auteur
- K-Dense Inc.
- Licentie
- MIT
Behandelt streaming en indexbewuste verwerking van genomische bestanden, waaronder regioquery's, pileups, dekking, filtering op flags en kwaliteit, en het schrijven van nieuwe bestanden met behoud van de header. Formaat, sorteervolgorde, index en coördinatenstelsel moeten vooraf vaststaan, omdat het combineren van nulgebaseerde Python-coördinaten met ééngebaseerde regiostrings vaak ongemerkt foutieve resultaten oplevert. Vier meegeleverde scripts inspecteren onbekende bestanden, vatten de kwaliteitscontrole van alignments samen, filteren reads en geven variantoverzichten; de uitleg is afgestemd op pysam 0.24.0 met HTSlib 1.23.1 en bevat een aparte migratienotitie.
Vergelijkbare skills
AWS Core Skills
SkillTwintig AWS-skills voor CDK, IAM, containers, monitoring en kosten
explain-simply
SkillSluit een lang antwoord af met enkele eenvoudige zinnen
Systematic Debugging
SkillDwingt foutopsporing op basis van reproductie af
Reacties(0)
Log in om te reageren