pysam
BAM, CRAM ve VCF dosyalarını Python'dan HTSlib üzerinden okur ve yazar.
Kurulum
Script içeriyorgh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pysam
Reading, querying, filtering or writing SAM/BAM/CRAM, VCF/BCF, FASTA/FASTQ or tabix-indexed files; pileup and coverage work.
- Geliştirici
- K-Dense Inc.
- Lisans
- MIT
Genomik dosyaların akış halinde ve indeks farkındalıklı işlenmesini kapsıyor: bölge sorgusu, pileup, kapsam hesabı, bayrak ve kalite süzme, başlığı bozmadan yeni dosya yazma. Kod yazılmadan önce biçim, sıralama, indeks ve koordinat düzeninin netleşmesi şart koşuluyor; sıfır tabanlı Python koordinatıyla bir tabanlı bölge dizesini karıştırmak sessizce yanlış sonuç üreten en sık hata. Pakette dört betik var: tanınmayan bir dosyayı inceleme, hizalama kalite özeti, okuma süzme ve varyant özeti. Metin pysam 0.24.0 ile HTSlib 1.23.1 sürümüne sabitlenmiş, ayrıca sürüm geçiş notu taşıyor.
Benzer skill'ler
Acquire Codebase Knowledge
SkillYabancı bir depoyu dosya kanıtına dayalı yedi belgeye çıkarır.
Writing Plans
SkillŞartnameyi, koda hiç bakmamış birinin uygulayabileceği adım adım plana çevirir.
RDKit Cheminformatics
SkillRDKit ile molekül ayrıştırma, tanımlayıcı hesabı, parmak izi ve alt yapı aramasını yönlendirir.
Yorumlar(0)
Yorum yapmak için giriş yap