pysam
BAM, CRAM ve VCF dosyalarını Python'dan HTSlib üzerinden okur ve yazar.
Kurulum
Script içeriyorgh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pysam
Reading, querying, filtering or writing SAM/BAM/CRAM, VCF/BCF, FASTA/FASTQ or tabix-indexed files; pileup and coverage work.
- Geliştirici
- K-Dense Inc.
- Lisans
- MIT
Genomik dosyaların akış halinde ve indeks farkındalıklı işlenmesini kapsıyor: bölge sorgusu, pileup, kapsam hesabı, bayrak ve kalite süzme, başlığı bozmadan yeni dosya yazma. Kod yazılmadan önce biçim, sıralama, indeks ve koordinat düzeninin netleşmesi şart koşuluyor; sıfır tabanlı Python koordinatıyla bir tabanlı bölge dizesini karıştırmak sessizce yanlış sonuç üreten en sık hata. Pakette dört betik var: tanınmayan bir dosyayı inceleme, hizalama kalite özeti, okuma süzme ve varyant özeti. Metin pysam 0.24.0 ile HTSlib 1.23.1 sürümüne sabitlenmiş, ayrıca sürüm geçiş notu taşıyor.
Benzer skill'ler
AWS Core Skills
SkillAWS'nin kendi yayımladığı 20 beceri: altyapı, kimlik, gözlemlenebilirlik ve maliyet.
explain-simply
SkillUzun cevabı birkaç sade cümleyle kapatır.
Systematic Debugging
SkillTahminle yama yapmak yerine önce yeniden üretmeyi zorunlu kılar
Yorumlar(0)
Yorum yapmak için giriş yap