scvi-tools
Tek hücre verisi için olasılıksal modeller: parti düzeltme ve tümleştirme.
Kurulum
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills scvi-tools
Batch correction, transfer learning, multimodal or spatial single-cell integration, or differential expression that needs uncertainty.
- Geliştirici
- K-Dense Inc.
- Lisans
- BSD-3-Clause
PyTorch üzerine kurulu derin üretici model ailesini kapsıyor: RNA için scVI ve scANVI, kromatin erişilebilirliği için PeakVI ve scBasset, çok kipli veri için totalVI ve MultiVI, uzamsal ayrıştırma için DestVI ve Stereoscope. Sık takılınan bir ayrıntı açıkça ele alınmış: modellerin bir kısmı scvi.model, bir kısmı scvi.external altında duruyor ve referans dosyaları hangi modelin hangi ad alanında olduğunu yazıyor. Buradaki farklı ifade analizi çıplak bir p değeri yerine belirsizlik döndürüyor; standart Scanpy akışı yerine bu skill'e geçmenin asıl gerekçesi de bu.
Benzer skill'ler
Scanpy
SkillTek hücre RNA dizileme analizini kalite kontrolden kümelemeye kadar yürütür.
PyDESeq2
SkillBulk RNA dizileme farklı ifade analizini R yerine Python'da yürütür.
PyMC
SkillPyMC ile Bayesçi modelleme: önsel seçimi, NUTS örneklemesi ve model karşılaştırma.
Yorumlar(0)
Yorum yapmak için giriş yap