scvi-tools
Modele unicelulare probabilistice pentru integrarea loturilor
Instalare
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills scvi-tools
Batch correction, transfer learning, multimodal or spatial single-cell integration, or differential expression that needs uncertainty.
- Autor
- K-Dense Inc.
- Licență
- BSD-3-Clause
Acoperă familia de modele generative profunde bazate pe PyTorch: scVI și scANVI pentru RNA, PeakVI și scBasset pentru accesibilitatea cromatinei, totalVI și MultiVI pentru date multimodale, precum și DestVI și Stereoscope pentru deconvoluție spațială. Documentația clarifică o dificultate practică frecventă: unele modele se află în scvi.model, iar altele în scvi.external, precizând spațiul de nume al fiecăruia. Analiza expresiei diferențiale returnează incertitudinea, nu doar o valoare p, principalul motiv pentru utilizarea sa în locul unui flux Scanpy standard.
Skill-uri similare
Scanpy
SkillFlux RNA-seq unicelular: de la QC la clustere și gene marker
PyDESeq2
SkillAnalizează expresia diferențială bulk RNA-seq în Python
PyMC
SkillModelare bayesiană cu distribuții a priori și eșantionare NUTS
Comentarii(0)
Autentifică-te pentru a comenta