scvi-tools
Modele unicelulare probabilistice pentru integrarea loturilor
Instalare
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills scvi-tools
Batch correction, transfer learning, multimodal or spatial single-cell integration, or differential expression that needs uncertainty.
- Autor
- K-Dense Inc.
- Licență
- BSD-3-Clause
Acoperă familia de modele generative profunde bazate pe PyTorch: scVI și scANVI pentru RNA, PeakVI și scBasset pentru accesibilitatea cromatinei, totalVI și MultiVI pentru date multimodale, precum și DestVI și Stereoscope pentru deconvoluție spațială. Documentația clarifică o dificultate practică frecventă: unele modele se află în scvi.model, iar altele în scvi.external, precizând spațiul de nume al fiecăruia. Analiza expresiei diferențiale returnează incertitudinea, nu doar o valoare p, principalul motiv pentru utilizarea sa în locul unui flux Scanpy standard.
Skill-uri similare
Acquire Codebase Knowledge
SkillDescrie un depozit necunoscut în șapte documente bazate pe fișiere
pysam
SkillCitește și scrie fișiere BAM, CRAM și VCF din Python
Statistical Power
SkillCalculează eșantionul necesar, efectul detectabil și curbele de putere
Comentarii(0)
Autentifică-te pentru a comenta