scvi-tools
Modelos probabilísticos para integrar dados de célula única
Instalação
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills scvi-tools
Batch correction, transfer learning, multimodal or spatial single-cell integration, or differential expression that needs uncertainty.
- Autor
- K-Dense Inc.
- Licença
- BSD-3-Clause
Abrange a família de modelos generativos profundos baseada em PyTorch: scVI e scANVI para RNA, PeakVI e scBasset para acessibilidade da cromatina, totalVI e MultiVI para dados multimodais e DestVI e Stereoscope para deconvolução espacial. Trata diretamente uma dificuldade prática recorrente: alguns modelos ficam em scvi.model e outros em scvi.external, e os arquivos de referência indicam o namespace correto de cada um. A expressão diferencial retorna incerteza, em vez de apenas um valor-p, principal motivo para escolhê-la no lugar de um pipeline padrão do Scanpy.
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