PyDESeq2
Executa expressão diferencial de RNA-seq em Python, sem R
Instalação
Inclui scriptsgh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pydeseq2
Differential expression on bulk RNA-seq counts, multi-factor designs with batch or covariate terms, or porting a DESeq2 workflow from R.
- Autor
- K-Dense Inc.
- Licença
- MIT
Segue todo o procedimento do DESeq2 pelo pacote PyDESeq2: filtragem de contagens, estimativa de dispersão, testes de Wald, correção de Benjamini-Hochberg e redução opcional com apeGLM. Abrange modelos multifatoriais baseados em fórmulas, mantendo termos de lote ou covariáveis dentro do modelo em vez de removê-los previamente. Todos os exemplos definem explicitamente o nível de referência e o contraste, evitando a inversão de sinal comum em fluxos migrados do R; um script incluído executa a análise completa a partir de tabelas de contagens e metadados das amostras.
Skills semelhantes
Scanpy
SkillFluxo de RNA-seq unicelular do QC aos genes marcadores
Experimental Design
SkillDefine e estrutura o estudo antes da coleta de dados
statsmodels
SkillRegressão, GLM e séries temporais com inferência completa
Comentários(0)
Entre para comentar