Навык

PyDESeq2

Дифференциальная экспрессия bulk RNA-seq в Python вместо R

Установка

Содержит скрипты

gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pydeseq2

Условия запуска

Differential expression on bulk RNA-seq counts, multi-factor designs with batch or covariate terms, or porting a DESeq2 workflow from R.

Нужны инструменты

ReadWriteEditBash

Автор: K-Dense Inc.
Лицензия: MIT

Репозиторийhttps://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills

Реализует полный процесс DESeq2 через пакет PyDESeq2: фильтрацию счётчиков, оценку дисперсии, тесты Вальда, поправку Бенджамини — Хохберга и необязательное сжатие apeGLM. Поддерживает многофакторные формульные дизайны, поэтому эффект партии или ковариата включается непосредственно в модель, а не удаляется заранее. Во всех примерах явно задаются референсный уровень и контраст, где при переносе процесса из R чаще всего меняется знак; готовый скрипт запускает весь анализ по таблице счётчиков и таблице метаданных образцов.