PyDESeq2
Analiza expresión diferencial de RNA-seq masivo en Python, no en R
Instalación
Incluye scriptsgh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pydeseq2
Differential expression on bulk RNA-seq counts, multi-factor designs with batch or covariate terms, or porting a DESeq2 workflow from R.
- Autor
- K-Dense Inc.
- Licencia
- MIT
Sigue de principio a fin el procedimiento de DESeq2 mediante el paquete PyDESeq2: filtrado de conteos, estimación de dispersión, pruebas de Wald, corrección de Benjamini-Hochberg y contracción opcional con apeGLM. Admite diseños multifactoriales basados en fórmulas, por lo que los efectos de lote y las covariables se incluyen en el modelo en vez de eliminarse previamente. Cada ejemplo define explícitamente el nivel de referencia y el contraste, donde más suele invertirse el signo al migrar un flujo desde R; además, un script incluido ejecuta el análisis completo a partir de una tabla de conteos y otra de metadatos de muestras.
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