PyDESeq2
Analizuje różnicową ekspresję bulk RNA-seq w Pythonie
Instalacja
Zawiera skryptygh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pydeseq2
Differential expression on bulk RNA-seq counts, multi-factor designs with batch or covariate terms, or porting a DESeq2 workflow from R.
- Autor
- K-Dense Inc.
- Licencja
- MIT
Realizuje procedurę DESeq2 od początku do końca za pomocą pakietu PyDESeq2: filtrowanie zliczeń, estymację dyspersji, testy Walda, korektę Benjamini-Hochberga i opcjonalne kurczenie apeGLM. Obsługuje wieloczynnikowe projekty oparte na formułach, dzięki czemu efekt partii lub współzmienna trafia bezpośrednio do modelu, zamiast być wcześniej usuwana z danych. Każdy przykład jawnie określa poziom referencyjny i kontrast, ponieważ właśnie tam przepływy przenoszone z R najczęściej odwracają znak. Jeden dołączony skrypt przeprowadza całą analizę na podstawie tabeli zliczeń i tabeli metadanych próbek.
Podobne umiejętności
Scanpy
UmiejętnośćStandardowa analiza scRNA-seq od QC po klastry i geny markerowe
Experimental Design
UmiejętnośćDobiera i rozpisuje plan badania przed zebraniem danych
statsmodels
UmiejętnośćRegresja, GLM i szeregi czasowe z pełnym wnioskowaniem
Komentarze(0)
Zaloguj się, aby skomentować