PyDESeq2
Analyse l’expression différentielle RNA-seq en Python
Installation
Scripts inclusgh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pydeseq2
Differential expression on bulk RNA-seq counts, multi-factor designs with batch or covariate terms, or porting a DESeq2 workflow from R.
- Auteur
- K-Dense Inc.
- Licence
- MIT
Suit toute la procédure DESeq2 avec le package PyDESeq2 : filtrage des comptages, estimation de la dispersion, tests de Wald, correction de Benjamini-Hochberg et réduction facultative avec apeGLM. Les plans multifactoriels basés sur des formules sont pris en charge, afin d’intégrer un effet de lot ou une covariable au modèle plutôt que de les retirer au préalable. Chaque exemple précise explicitement le niveau de référence et le contraste, point où les workflows migrés depuis R inversent le plus souvent le signe. Un script fourni exécute toute l’analyse à partir d’une table de comptages et d’une table de métadonnées d’échantillons.
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