PyDESeq2
تحليل التعبير التفاضلي لـ RNA-seq في Python بدلًا من R
التثبيت
تتضمن سكربتاتgh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pydeseq2
Differential expression on bulk RNA-seq counts, multi-factor designs with batch or covariate terms, or porting a DESeq2 workflow from R.
- المؤلف
- K-Dense Inc.
- الترخيص
- MIT
ينفذ إجراء DESeq2 كاملًا عبر حزمة PyDESeq2، بدءًا من تصفية العدّات وتقدير التشتت وصولًا إلى اختبارات Wald وتصحيح Benjamini-Hochberg وتقليص apeGLM الاختياري. يدعم تصميمات متعددة العوامل باستخدام الصيغ، بحيث يُدرج تأثير الدفعة أو المتغير المصاحب داخل النموذج بدل إزالته مسبقًا. تحدد جميع الأمثلة المستوى المرجعي والمقارنة صراحةً لتجنب انقلاب الإشارة الشائع عند نقل سير العمل من R، ويتولى نص برمجي مرفق تشغيل التحليل كاملًا من جدول العدّات وجدول بيانات العينات الوصفية.
مهارات مشابهة
Scanpy
مهارةسير عمل RNA أحادي الخلية من ضبط الجودة إلى التجميع والجينات الدالة
Experimental Design
مهارةيختار تصميم الدراسة ويحدده قبل جمع أي بيانات
statsmodels
مهارةنماذج انحدار وسلاسل زمنية مع نتائج الاستدلال كاملة
التعليقات(0)
سجّل الدخول للتعليق