PyDESeq2
Analizează expresia diferențială bulk RNA-seq în Python
Instalare
Include scripturigh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pydeseq2
Differential expression on bulk RNA-seq counts, multi-factor designs with batch or covariate terms, or porting a DESeq2 workflow from R.
- Autor
- K-Dense Inc.
- Licență
- MIT
Urmează integral procedura DESeq2 prin pachetul PyDESeq2: filtrarea numărătorilor, estimarea dispersiei, testele Wald, corecția Benjamini-Hochberg și reducerea opțională apeGLM. Sunt incluse modele cu mai mulți factori, astfel încât efectele de lot și covariabilele rămân în model în loc să fie eliminate anterior. Fiecare exemplu precizează explicit nivelul de referință și contrastul, evitând inversarea semnului întâlnită frecvent la migrarea fluxurilor din R; un script inclus execută întreaga analiză dintr-un tabel de numărători și unul cu metadatele probelor.
Skill-uri similare
Scanpy
SkillFlux RNA-seq unicelular: de la QC la clustere și gene marker
Experimental Design
SkillAlege și structurează studiul înainte de colectarea datelor
statsmodels
SkillRegresie, GLM și serii temporale cu inferență completă
Comentarii(0)
Autentifică-te pentru a comenta