PyDESeq2
Analizează expresia diferențială bulk RNA-seq în Python
Instalare
Include scripturigh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pydeseq2
Differential expression on bulk RNA-seq counts, multi-factor designs with batch or covariate terms, or porting a DESeq2 workflow from R.
- Autor
- K-Dense Inc.
- Licență
- MIT
Urmează integral procedura DESeq2 prin pachetul PyDESeq2: filtrarea numărătorilor, estimarea dispersiei, testele Wald, corecția Benjamini-Hochberg și reducerea opțională apeGLM. Sunt incluse modele cu mai mulți factori, astfel încât efectele de lot și covariabilele rămân în model în loc să fie eliminate anterior. Fiecare exemplu precizează explicit nivelul de referință și contrastul, evitând inversarea semnului întâlnită frecvent la migrarea fluxurilor din R; un script inclus execută întreaga analiză dintr-un tabel de numărători și unul cu metadatele probelor.
Skill-uri similare
Semgrep Rule Creator
SkillScrie reguli Semgrep personalizate și le finalizează doar după teste
pysam
SkillCitește și scrie fișiere BAM, CRAM și VCF din Python
Property-Based Testing
SkillGăsește proprietatea algebrică și scrie testul generator potrivit
Comentarii(0)
Autentifică-te pentru a comenta