PyDESeq2
Analyserar differentiellt uttryck i bulk-RNA-seq med Python
Installera
Innehåller skriptgh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pydeseq2
Differential expression on bulk RNA-seq counts, multi-factor designs with batch or covariate terms, or porting a DESeq2 workflow from R.
- Utvecklare
- K-Dense Inc.
- Licens
- MIT
Följer hela DESeq2-processen via PyDESeq2: filtrering av counts, uppskattning av dispersion, Wald-test, Benjamini–Hochberg-korrigering och valfri apeGLM-krympning. Flerfaktoriella modeller med formulaic stöds, så batcheffekter och kovariater ingår i modellen i stället för att tas bort i förväg. Alla exempel anger referensnivå och kontrast uttryckligen, och ett medföljande skript kör hela analysen från en count-tabell och en tabell med metadata för prover.
Liknande färdigheter
Scanpy
FärdighetStandardflöde för encells-RNA-seq från QC till markörgener
Experimental Design
FärdighetVäljer och utformar studien innan data samlas in
statsmodels
FärdighetRegression, GLM och tidsserier med fullständig inferens
Kommentarer(0)
Logga in för att kommentera