PyDESeq2
Voert bulk-RNA-seq-differentieanalyse uit in Python
Installeren
Bevat scriptsgh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pydeseq2
Differential expression on bulk RNA-seq counts, multi-factor designs with batch or covariate terms, or porting a DESeq2 workflow from R.
- Auteur
- K-Dense Inc.
- Licentie
- MIT
Doorloopt met PyDESeq2 de volledige DESeq2-procedure: filtering van tellingen, dispersieschatting, Wald-toetsen, Benjamini-Hochberg-correctie en optionele apeGLM-krimping. Ondersteunt multifactoriële ontwerpen met formules, zodat batcheffecten en covariaten in het model blijven in plaats van vooraf te worden verwijderd. Elk voorbeeld legt het referentieniveau en contrast expliciet vast; één meegeleverd script voert de volledige analyse uit op een tellingentabel en een tabel met samplemetadata.
Vergelijkbare skills
Semgrep Rule Creator
SkillSchrijft Semgrep-regels en rondt ze pas af als tests slagen
pysam
SkillLeest en schrijft BAM-, CRAM- en VCF-bestanden via HTSlib
Property-Based Testing
SkillVindt de juiste algebraïsche eigenschap en test die met generators
Reacties(0)
Log in om te reageren