PyDESeq2
Voert bulk-RNA-seq-differentieanalyse uit in Python
Installeren
Bevat scriptsgh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pydeseq2
Differential expression on bulk RNA-seq counts, multi-factor designs with batch or covariate terms, or porting a DESeq2 workflow from R.
- Auteur
- K-Dense Inc.
- Licentie
- MIT
Doorloopt met PyDESeq2 de volledige DESeq2-procedure: filtering van tellingen, dispersieschatting, Wald-toetsen, Benjamini-Hochberg-correctie en optionele apeGLM-krimping. Ondersteunt multifactoriële ontwerpen met formules, zodat batcheffecten en covariaten in het model blijven in plaats van vooraf te worden verwijderd. Elk voorbeeld legt het referentieniveau en contrast expliciet vast; één meegeleverd script voert de volledige analyse uit op een tellingentabel en een tabel met samplemetadata.
Vergelijkbare skills
Scanpy
SkillStandaard RNA-seq-workflow voor losse cellen, van QC tot markers
Experimental Design
SkillKiest en ontwerpt een onderzoeksopzet vóór de dataverzameling
statsmodels
SkillRegressie, GLM en tijdreeksen met volledige inferentie
Reacties(0)
Log in om te reageren