PyDESeq2
Analizza l'espressione differenziale bulk RNA-seq in Python
Installazione
Include scriptgh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pydeseq2
Differential expression on bulk RNA-seq counts, multi-factor designs with batch or covariate terms, or porting a DESeq2 workflow from R.
- Autore
- K-Dense Inc.
- Licenza
- MIT
Segue l'intera procedura DESeq2 tramite PyDESeq2: filtraggio dei conteggi, stima della dispersione, test di Wald, correzione Benjamini-Hochberg e shrinkage apeGLM facoltativo. Supporta disegni multifattoriali basati su formule, inserendo nel modello termini di batch e covariate, e specifica sempre esplicitamente il livello di riferimento e il contrasto per evitare inversioni di segno nelle migrazioni da R. Uno script incluso esegue l'intera analisi partendo da una tabella dei conteggi e dai metadati dei campioni.
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