scvi-tools
Modele probabilistyczne do korekcji partii i integracji
Instalacja
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills scvi-tools
Batch correction, transfer learning, multimodal or spatial single-cell integration, or differential expression that needs uncertainty.
- Autor
- K-Dense Inc.
- Licencja
- BSD-3-Clause
Obejmuje rodzinę głębokich modeli generatywnych opartych na PyTorch: scVI i scANVI dla RNA, PeakVI i scBasset dla dostępności chromatyny, totalVI i MultiVI dla danych multimodalnych oraz DestVI i Stereoscope do przestrzennej dekonwolucji. Bezpośrednio rozwiązuje częstą praktyczną pułapkę: część modeli znajduje się w scvi.model, a inne w scvi.external, dlatego pliki referencyjne wskazują właściwą przestrzeń nazw dla każdego z nich. Analiza różnicowej ekspresji zwraca tu niepewność zamiast samej wartości p, co jest głównym powodem wyboru tego rozwiązania zamiast standardowego potoku Scanpy.
Podobne umiejętności
Scanpy
UmiejętnośćStandardowa analiza scRNA-seq od QC po klastry i geny markerowe
PyDESeq2
UmiejętnośćAnalizuje różnicową ekspresję bulk RNA-seq w Pythonie
PyMC
UmiejętnośćModelowanie bayesowskie: priory, próbkowanie NUTS i porównania
Komentarze(0)
Zaloguj się, aby skomentować