scvi-tools
Modelli probabilistici single-cell per correzione e integrazione
Installazione
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills scvi-tools
Batch correction, transfer learning, multimodal or spatial single-cell integration, or differential expression that needs uncertainty.
- Autore
- K-Dense Inc.
- Licenza
- BSD-3-Clause
Copre la famiglia di modelli generativi profondi basati su PyTorch: scVI e scANVI per l'RNA, PeakVI e scBasset per l'accessibilità della cromatina, totalVI e MultiVI per i dati multimodali, DestVI e Stereoscope per la deconvoluzione spaziale. Affronta una difficoltà pratica ricorrente indicando nei file di riferimento quali modelli appartengono a scvi.model e quali a scvi.external. L'analisi dell'espressione differenziale restituisce una misura dell'incertezza anziché un semplice valore p, motivo principale per preferirla a una pipeline Scanpy standard.
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