scvi-tools
Вероятностные модели для коррекции партий и интеграции клеток
Установка
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills scvi-tools
Batch correction, transfer learning, multimodal or spatial single-cell integration, or differential expression that needs uncertainty.
- Автор
- K-Dense Inc.
- Лицензия
- BSD-3-Clause
Охватывает семейство глубоких генеративных моделей на PyTorch: scVI и scANVI для RNA, PeakVI и scBasset для доступности хроматина, totalVI и MultiVI для мультимодальных данных, DestVI и Stereoscope для пространственной деконволюции. Отдельно разобрана частая практическая проблема: одни модели находятся в scvi.model, другие — в scvi.external, и справочные материалы указывают пространство имён каждой модели. Анализ дифференциальной экспрессии здесь возвращает оценку неопределённости, а не только p-значение — это главное отличие от стандартного конвейера Scanpy.
Похожие навыки
Scanpy
НавыкАнализ scRNA-seq: от контроля качества до маркерных генов
PyDESeq2
НавыкДифференциальная экспрессия bulk RNA-seq в Python вместо R
PyMC
НавыкБайесовское моделирование: априоры, NUTS и сравнение моделей
Комментарии(0)
Войдите, чтобы комментировать