Навык

Scanpy

Анализ scRNA-seq: от контроля качества до маркерных генов

Установка

Содержит скрипты

npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills

Условия запуска

scRNA-seq analysis: QC, normalization, UMAP/PCA, clustering, marker genes, or converting an RDS object to h5ad.

Автор: K-Dense Inc.
Лицензия: BSD-3-Clause

Репозиторийhttps://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills

Проводит по стандартному процессу Scanpy: контроль качества, нормализация, PCA, UMAP или t-SNE, кластеризация Leiden, дифференциальная экспрессия и визуализация. Также помогает преобразовать файлы Seurat или SingleCellExperiment в формате RDS в h5ad перед началом анализа. Для наборов данных, не помещающихся в память, описано использование Dask, а вероятностные модели вынесены в другие решения.