Scanpy
Flujo estándar de RNA-seq unicelular, de QC a genes marcadores
Instalación
Incluye scriptsnpx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills
scRNA-seq analysis: QC, normalization, UMAP/PCA, clustering, marker genes, or converting an RDS object to h5ad.
- Autor
- K-Dense Inc.
- Licencia
- BSD-3-Clause
Sigue el flujo consolidado de Scanpy: control de calidad, normalización, PCA, UMAP o t-SNE, agrupamiento Leiden, expresión diferencial y visualización. También resuelve el paso inicial de convertir archivos RDS de Seurat o SingleCellExperiment a h5ad. La documentación recomienda Dask para conjuntos de datos que no caben en memoria y deriva los modelos probabilísticos a otras herramientas.
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