Scanpy
Fluxo de RNA-seq unicelular do QC aos genes marcadores
Instalação
Inclui scriptsnpx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills
scRNA-seq analysis: QC, normalization, UMAP/PCA, clustering, marker genes, or converting an RDS object to h5ad.
- Autor
- K-Dense Inc.
- Licença
- BSD-3-Clause
Percorre o fluxo consolidado do Scanpy: controle de qualidade, normalização, PCA, UMAP ou t-SNE, agrupamento Leiden, expressão diferencial e visualização. Também trata da etapa inicial de converter arquivos RDS do Seurat ou SingleCellExperiment para h5ad antes de executar as análises. O uso do Dask é documentado para conjuntos de dados que não cabem na memória, enquanto modelos probabilísticos são direcionados a outras ferramentas.
Skills semelhantes
PyDESeq2
SkillExecuta expressão diferencial de RNA-seq em Python, sem R
AnnData
SkillEstrutura h5ad usada pela coleção scverse para célula única
scvi-tools
SkillModelos probabilísticos para integrar dados de célula única
Comentários(0)
Entre para comentar