AnnData
Die h5ad-Datenstruktur hinter dem scverse-Single-Cell-Stack
Installation
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills anndata
Creating, reading or writing h5ad and zarr objects, subsetting or concatenating single-cell datasets, or working in backed mode on large matrices.
- Autor
- K-Dense Inc.
- Lizenz
- BSD-3-Clause
Dies ist die Formatschicht und keine Analyse-Pipeline: AnnData-Objekte erstellen, h5ad- und zarr-Dateien lesen und schreiben, Teilmengen bilden und Batches zusammenführen, ohne unbemerkt die Reihenfolge zu verändern. Sparse-Matrizen, Backed Mode und verzögertes Laden mit Dask sind für Daten dokumentiert, die nicht in den Arbeitsspeicher passen. Veraltete Aufrufe wie ad.read, AnnData.concatenate und __version__ stehen neben ihren jeweiligen Nachfolgern; experimentelle APIs werden als instabil gekennzeichnet, statt stillschweigend empfohlen zu werden.
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