AnnData
La structure h5ad au cœur de l’écosystème monocellulaire scverse
Installation
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills anndata
Creating, reading or writing h5ad and zarr objects, subsetting or concatenating single-cell datasets, or working in backed mode on large matrices.
- Auteur
- K-Dense Inc.
- Licence
- BSD-3-Clause
Il s’agit de la couche de format, et non d’un pipeline d’analyse : création d’objets AnnData, lecture et écriture de fichiers h5ad et zarr, sous-ensembles et concaténation de lots sans réorganisation silencieuse. Les matrices creuses, le mode adossé au disque et le chargement différé avec Dask sont documentés pour les données trop volumineuses pour tenir en mémoire. Les appels obsolètes comme ad.read, AnnData.concatenate et __version__ sont présentés avec leurs remplacements, tandis que les API expérimentales sont clairement signalées comme instables.
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