Nextflow
Nextflow- und nf-core-Pipelines schreiben und debuggen
Installation
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills nextflow
Any reproducible bioinformatics workflow work: running or debugging an nf-core pipeline, writing DSL2 modules, or configuring HPC/cloud executors.
- Autor
- K-Dense Inc.
- Lizenz
- Apache-2.0
Die Arbeit wird von Beginn an in zwei Wege geteilt: eine bestehende nf-core-Pipeline ausführen und eine fehlgeschlagene Fortsetzung debuggen oder DSL2-Prozesse, Channels und Module neu erstellen. Die Konfiguration von Ausführungsumgebung und Containern reicht von lokalen Läufen über SLURM und andere HPC-Scheduler bis zu AWS-, Google-, Azure- oder Kubernetes-Backends – dieselbe Pipeline mit unterschiedlichen Profilen. Reproduzierbarkeit wird durch Container pro Aufgabe, festgelegte Pipeline-Revisionen, eine festgelegte Engine-Version und Fortsetzungs-Caching gewährleistet; Module und Teilworkflows werden mit nf-test gemäß den nf-core-Linting-Konventionen getestet.
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