Nextflow
Tworzy, uruchamia i diagnozuje pipeline’y Nextflow i nf-core
Instalacja
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills nextflow
Any reproducible bioinformatics workflow work: running or debugging an nf-core pipeline, writing DSL2 modules, or configuring HPC/cloud executors.
- Autor
- K-Dense Inc.
- Licencja
- Apache-2.0
Od początku rozdziela pracę na dwa tryby: uruchamianie istniejącego pipeline’u nf-core i diagnozowanie nieudanego wznowienia albo tworzenie od podstaw procesów, kanałów i modułów DSL2. Konfiguracja wykonawców i kontenerów obejmuje środowisko lokalne, SLURM i inne systemy kolejkowe HPC oraz backendy AWS, Google, Azure i Kubernetes, dzięki czemu ten sam pipeline może działać z różnymi profilami. Powtarzalność zapewniają osobne kontenery dla zadań, przypięte wersje pipeline’u i silnika oraz pamięć podręczna wznowień, a moduły i podprocesy są testowane przez nf-test zgodnie z konwencjami lintowania nf-core.
Podobne umiejętności
GitHub Actions Templates
UmiejętnośćGotowe pliki workflow zamiast pustego katalogu .github
Understand Anything
UmiejętnośćBuduje interaktywny graf nieznanej bazy kodu
GitHub Actions Hardening
UmiejętnośćWykrywa w YAML workflowów luki prowadzące do przejęcia CI
Komentarze(0)
Zaloguj się, aby skomentować