Навык

Nextflow

Создание, запуск и отладка пайплайнов Nextflow и nf-core

Установка

gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills nextflow

Условия запуска

Any reproducible bioinformatics workflow work: running or debugging an nf-core pipeline, writing DSL2 modules, or configuring HPC/cloud executors.

Автор: K-Dense Inc.
Лицензия: Apache-2.0

Репозиторийhttps://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills

Работа сразу разделена на два сценария: запуск готового пайплайна nf-core и отладка неудачного возобновления либо создание процессов, каналов и модулей DSL2 с нуля. Настройка исполнителей и контейнеров охватывает локальный запуск, SLURM и другие планировщики HPC, а также AWS, Google, Azure и Kubernetes — один пайплайн запускается через разные профили. Воспроизводимость обеспечивается отдельными контейнерами для задач, закреплёнными версиями пайплайна и движка и кэшем возобновления, а модули и подпроцессы тестируются через nf-test по правилам линтинга nf-core.