Nextflow
Scrie, rulează și depanează fluxuri Nextflow și nf-core
Instalare
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills nextflow
Any reproducible bioinformatics workflow work: running or debugging an nf-core pipeline, writing DSL2 modules, or configuring HPC/cloud executors.
- Autor
- K-Dense Inc.
- Licență
- Apache-2.0
Separă de la început două scenarii: rularea unui flux nf-core existent și depanarea unei reluări eșuate sau scrierea de la zero a proceselor, canalelor și modulelor DSL2. Configurarea executorilor și containerelor acoperă rularea locală, SLURM și alte planificatoare HPC, precum și infrastructuri AWS, Google, Azure sau Kubernetes, păstrând același flux cu profiluri diferite. Reproductibilitatea este asigurată prin containere pentru fiecare sarcină, versiuni fixate pentru flux și motor și memorarea reluărilor, iar modulele și subfluxurile sunt testate cu nf-test conform convențiilor de linting nf-core.
Skill-uri similare
GitHub Actions Templates
SkillFluxuri de lucru gata de folosit pentru GitHub Actions
Understand Anything
SkillCreează un graf navigabil pentru un cod scris de altcineva
GitHub Actions Hardening
SkillVerifică workflow-urile YAML pentru atacuri specifice CI
Comentarii(0)
Autentifică-te pentru a comenta