Nextflow
Cria, executa e depura pipelines Nextflow e nf-core
Instalação
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills nextflow
Any reproducible bioinformatics workflow work: running or debugging an nf-core pipeline, writing DSL2 modules, or configuring HPC/cloud executors.
- Autor
- K-Dense Inc.
- Licença
- Apache-2.0
Divide o trabalho entre executar pipelines nf-core existentes e depurar retomadas com falha, ou criar processos, canais e módulos DSL2 do zero. A configuração de executores e contêineres abrange execução local, SLURM, outros agendadores HPC e ambientes AWS, Google, Azure ou Kubernetes usando o mesmo pipeline com perfis diferentes. A reprodutibilidade usa contêineres por tarefa, revisões e versões fixadas e cache de retomada, com testes via nf-test segundo as convenções do nf-core.
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